주식취득일 현재 벤처기업확인서 유효기간이 만료된 경우 기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제가 가능한지

주식취득일 현재 피인수법인의 벤처기업확인서 유효기간이 만료된 경우 기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제가 적용되지 않는 것임

○ A법인은 2022.2.21. B법인의 주식 85%를 취득하였음

○ B법인은 2019.12.20. 최초로 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조에 따른 벤처기업(이하 ‘벤처기업’)으로 확인받고, 2021.12.19.자로 유효기간이 만료되었으며 2023.1.11. 벤처기업으로 재확인받음

○ A법인은 조세특례제한법 제12조의4에 따라 “기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제”를 적용하여 2022사업연도 법인세 경정청구

2. 질의내용

○ 주식취득일 현재 피인수법인의 벤처기업확인서 유효기간이 만료된 경우 “기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제” 적용이 가능한지 여부

3. 관련법령

○ 조세특례제한법 제12조의4【기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제】(2021.12.28. 제18634호로 개정된 것)

① 내국법인(이하 이 조에서 "인수법인"이라 한다)이 2024년 12월 31일까지 대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업(이하 이 조에서 "피인수법인"이라 한다)의 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다)을 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 취득(대통령령으로 정하는 특수관계인으로부터 취득한 경우는 제외한다)하는 경우 매입가액 중 대통령령으로 정하는 기술가치 금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 해당 사업연도의 법인세에서 공제한다.

1. 인수법인이 피인수법인의 주식등을 최초 취득한 날(이하 이 조에서 "취득일"이라 한다) 현재 1년 이상 사업을 계속하던 내국법인 간의 취득일 것

2. 인수법인이 취득일이 속하는 사업연도 내에 취득한 주식등이 해당 사업연도의 종료일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50(인수법인이 피인수법인의 최대출자자로서 피인수법인의 경영권을 실질적으로 지배하는 경우는 100분의 30으로 하고, 이하 이 조에서 "기준지분비율"이라 한다)을 초과하고, 인수법인이 해당 주식등을 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것

3. 인수법인이 취득일이 속하는 사업연도 내에 취득한 주식등의 매입가액이 가목의 금액에 나목의 비율을 곱한 금액 이상일 것

• 가. 취득일이 속하는 사업연도의 피인수법인의 순자산시가의 100분의 130

• 나. 취득일이 속하는 사업연도 내에 취득한 주식등이 해당 사업연도의 종료일 현재 피인수법인의 발행주식총수 또는 출자총액에서 차지하는 비율(이하 이 조에서 "당초지분비율"이라 한다)

4. 대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주 또는 출자자(이하 이 조에서 "주주등"이라 한다)가 해당 주식등을 양도한 날부터 그 날이 속하는 사업연도의 종료일까지 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주등에 해당하지 아니할 것

5. 피인수법인이 취득일이 속하는 사업연도의 종료일까지 종전에 영위하던 사업을 계속할 것

② 제1항에 따라 법인세를 공제받은 내국법인이 5년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 과세표준신고를 할 때 제1항에 따라 공제받은 세액[제3호에 해당하는 경우로서 각 사업연도 종료일 현재 인수법인의 피인수법인 지분비율(이하 이 항에서 "현재지분비율"이라 한다)이 기준지분비율을 초과하는 경우에는 당초지분비율에서 현재지분비율을 차감한 값을 당초지분비율로 나눈 비율과 제1항에 따른 공제세액을 곱한 금액(지분비율 감소로 이미 납부한 공제세액은 제외한다)]에 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 더한 금액을 법인세로 납부하여야 한다.

1. 대통령령으로 정하는 피인수법인의 주주등이 인수법인 또는 피인수법인의 지배주주등에 해당하는 경우

2. 피인수법인이 종전에 영위하던 사업을 폐지하는 경우

3. 현재지분비율이 당초지분비율보다 낮아지는 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사유로 지분비율이 낮아지는 경우는 제외한다.

• 가. 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제16조의3 또는 상법 제340조의2에 따른 주식매수선택권을 행사하는 경우

• 나. 근로복지기본법에 따른 우리사주조합원이 우리사주를 취득하는 경우

• 다. 제13조제1항제1호에 따른 중소기업창업투자회사, 같은 항 제2호에 따른 신기술사업금융업자, 같은 항 제3호에 따른 창투조합등이 출자하는 경우(타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입하는 경우는 제외한다)

○ 조세특례제한법 시행령 제11조의4 【기술혁신형 주식취득에 대한 세액공제】(2022.2.15. 시행령 32413호 개정된 것)

① 법 제12조의4제1항제1호에 따른 최초 취득한 날(이하 이 조에서 "취득일"이라 한다)은 인수법인이 피인수법인의 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 "주식등"이라 한다)을 취득한 날부터 직전 2년 이내의 기간 동안 그 주식등을 보유한 사실이 없는 경우로 한다. 다만, 인수법인이 법인세법 시행령 제50조제2항에 따른 소액주주등에 해당하는 기간은 주식등을 보유한 것으로 보지 아니한다.

② 법 제12조의4제1항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기술혁신형 중소기업"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 중소기업을 말한다.

1. 취득일까지 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조에 따라 벤처기업으로 확인받은 기업

2. 취득일까지 중소기업 기술혁신 촉진법 제15조와 같은 법 시행령 제13조에 따라 기술혁신형 중소기업으로 선정된 기업

3. 취득일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 법 제10조제1항에 따른 연구ㆍ인력개발비가 매출액의 100분의 5 이상인 중소기업

4. 취득일까지 다음 각 목 중 어느 하나에 해당하는 인증 등을 받은 중소기업

• 가. ∼ 사. (생략)

○ 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조의2 【벤처기업의 요건】

① 벤처기업은 다음 각 호의 요건을 갖추어야 한다.

1. 중소기업기본법 제2조에 따른 중소기업(이하 "중소기업"이라 한다)일 것

2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당할 것

(이하생략)

○ 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조 【벤처기업의 해당 여부에 대한 확인】

① 벤처기업으로서 이 법에 따른 지원을 받으려는 기업은 벤처기업 해당 여부에 관하여 벤처기업확인기관의 장에게 확인을 요청할 수 있다.

② 벤처기업확인기관의 장은 제1항에 따라 확인 요청을 받은 날부터 중소벤처기업부령으로 정하는 기간 내에 제25조의4제1항에 따른 벤처기업확인위원회(이하 "벤처기업확인위원회"라 한다)의 심의를 거쳐 벤처기업 해당 여부를 확인하고 그 결과를 요청인에게 알려야 한다. 이 경우 그 기업이 벤처기업에 해당될 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 유효기간을 정하여 벤처기업확인서를 발급하여야 한다.

○ 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제25조의2 【벤처기업 확인의 취소】

① 벤처기업확인기관의 장은 벤처기업이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 벤처기업확인위원회의 심의를 거쳐 제25조제2항에 따른 확인을 취소할 수 있다. 다만, 제1호에 해당하는 경우에는 확인을 취소하여야 한다.

1. 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 벤처기업임을 확인받은 경우

2. 제2조의2의 벤처기업의 요건을 갖추지 아니하게 된 경우

3. 휴업ㆍ폐업 또는 파산 등으로 대통령령으로 정하는 기간 동안 기업활동을 하지 아니하는 경우

4. 대표자ㆍ최대주주 또는 최대출자사원 등이 기업재산을 유용(流用)하거나 은닉(隱匿)하는 등 기업경영과 관련하여 주주ㆍ사원 또는 이해관계인에게 피해를 입힌 경우 등 대통령령으로 정하는 경우

② 벤처기업확인기관의 장은 제1항에 따라 벤처기업의 확인을 취소하려면 청문을 실시하여야 한다.

○ 벤처기업육성에 관한 특별조치법 시행령 제18조의4 【벤처기업확인서의 유효기간】(2020.5.12. 법률 제30676호로 개정되기 전의 것)

법 제25조제2항 후단에 따른 벤처기업확인서의 유효기간은 확인일부터 2년으로 한다.